Mikrobiom i domaćin pojavili su se tokom evolucije kao sinergijska jedinica iz epigenetičkih i genetičkih karakteristika, ponekad zajednički nazvani holobiont.[7][8] Prisutnost mikrobiote u crijevima ljudi i ostalih metazoa je ključna za razumijevanje koevolucije između metazoa i bakterija.[9][10] Mikrobiota ima ključnu ulogu u imunskim i metaboličkim odgovorima crijeva putem svojih proizvoda fermentacije (kratkolančana masna kiselina), acetat.[11]
metodi matematičke analize pogodne za složene skupove podataka[13]
Biolozi su shvatili da mikrobi čine važan dio fenotipa organizma, daleko izvan povremene simbiotske studije slučaja.[13]
^Dastogeer, K.M., Tumpa, F.H., Sultana, A., Akter, M.A. and Chakraborty, A. (2020) "Plant microbiome–an account of the factors that shape community composition and diversity". Plant Biology , 23: 100161. doi:10.1016/j.cpb.2020.100161. Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan na linku Creative Commons Attribution 4.0 International License.
^{{cite journal |last1=Backhed|first1=F. |last2=Ley|first2=R. E. |last3=Sonnenburg|first3=J. L. |last4=Peterson|first4=D. A. |last5=Gordon |first5=J. I. |year=2005 |title=Host-Bacterial Mutualism in the Human Intestine |journal=[[Science |volume=307 |issue=5717 |pages=1915–20 |bibcode=2005Sci...307.1915B |doi=10.1126/science.1104816 |pmid=15790844 |s2cid=6332272}}
^Ley, R. E.; Peterson, D. A.; Gordon, J. I. (2006). "Ecological and Evolutionary Forces Shaping Microbial Diversity in the Human Intestine". Cell. 124 (4): 837–48. doi:10.1016/j.cell.2006.02.017. PMID16497592. S2CID17203181.
^Davenport, Emily R et al. "The human microbiome in evolution". BMC Biology. vol. 15,1 127. 27 Dec. 2017, doi:10.1186/s12915-017-0454-7
^"Evolution of the human gut flora".
Andrew H. Moeller, Yingying Li, Eitel Mpoudi Ngole, Steve Ahuka-Mundeke, Elizabeth V. Lonsdorf, Anne E. Pusey, Martine Peeters, Beatrice H. Hahn, Howard Ochman.
Proceedings of the National Academy of Sciences. Nov 2014, 111 (46) 16431-35; doi: 10.1073/pnas.1419136111